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東京（「とうきょう」、古くは「とうけい」とも読んだり「東亰」とも表記した）の名は、明治元年（慶応4年）七月（1868年9月）に出された江戸ヲ称シテ東京ト為スノ詔書により、江戸の町奉行支配地域を管轄する東京府が設置されたことに始まる。京都から見て東の京（みやこ）の意である。これは遷都を避け、京都にくわえて新たに江戸も京（みやこ）とされたことによる（→東京奠都の項目を参照）。ただし、明治中期頃までは「東亰」という表記も使われていた（この亰という文字は、京の俗字）。

明治新政府首脳は江戸への遷都を考えていたが、京都の公家らの反発が強かったため、とりあえず「江戸もみやこである」と宣言したといわれている。これは天皇が江戸で政治を行う必要があるため江戸を東京としたもので、これに伴ない天皇の行幸（東京行幸）が行なわれた。明治天皇は、明治元年10月（1868年11月）に東京（江戸城改め『東京城』）に入り、その後一度は京都へ戻る。明治2年3月（1869年5月）に再び東京（この年、『東京城』が『皇城』とされた）入りし、太政官が移され「事実上の東京遷都」が果たされたとも言われる。また、これに絡み首都についての議論もあるが（→日本の首都の項目を参照）、第二次大戦後には、日本国憲法によって主権が天皇ではなく国民に存すると宣言されたため、国権の最高機関である国会の所在地をもって首都とみなすのが妥当であるという考えもある。

なお、近年首都機能を東京から「栃木・福島地域」（那須）、「岐阜・愛知地域」（東濃）、「三重・畿央地域」などへ移転する計画（首都機能移転）が浮上し、議論を巻き起こしている。

全国の交通路の中でも特に鉄道や高速道路は集中的に建造されたり、ローカルニュースであるべきものが全国ニュースになるなど首都圏が特別扱いされる例は多い。また、台風・地震などの災害の際に都市機能が麻痺した場合、日本の首都機能に重大な影響を及ぼすことが予想されている。